C’est l’été. Mary vient d’emménager chez sa grand-tante dans le village de Manoir Rouge. Dans la forêt voisine, elle découvre une fleur mystérieuse qui ne fleurit qu’une fois tous les…

La trame suit une petite princesse poisson rouge appelée Ponyo qui veut désespérément devenir humaine. En cherchant ce faire, elle devient amie d’un garçon de cinq ans, Sôsuke.