Alors que les Autobots et les Decepticons s’affrontent au cours d’une terrible guerre civile, deux leaders voient le jour dans cette série sur l’origine des Transformers.

Pendant que Mégatron emploie les grands moyens pour sauver les Decepticons, les Autobots mènent un combat pour sauver la planète sur Cybertron et à bord de l’Arche.